螺旋藻除了对生长要求非常苛刻，另外对螺旋藻的加工过程也有很高的标准。作为一种生物，很多因素将会直接影响最终螺旋藻产品的质量。
首先是藻种，只有优质的藻种才可以保证成熟螺旋藻的优秀生物品质。如足够高的优质蛋白质含量、合理的氨基酸配比比例、丰富的藻蓝蛋白、多糖、足够的维生素、微量元素等等；而藻种的使用还存在退化的问题，需要复壮，藻种的选育和复壮需要高科技技术来支撑，在发达国家，螺旋藻的生产企业屈指可数，只有规模巨大的企业才能完成；
干燥是非常重要环节，和大家都知道的炒菜时间太长会导致菜里面的维生素、叶绿素等营养物质大量流失的道理类似，从水里面采集上来的螺旋藻只要在太阳光下面直射15分钟以上，其主要功效成分藻蓝蛋白就会损失75%，其他如胡萝卜素、维生素、亚麻酸、叶绿素等多种功效成分也会大量损失；
灭菌技术也是一个难题。由于螺旋藻的吸附能力很强，又是一个活物，只有科学的工艺和设备才能保证在加工过程中既完整保留螺旋藻营养成分和生物活性物质又保证细菌和有害微生物指标符合标准。
