人类食用微藻的历史非常悠久。

以微藻类的典型代表螺旋藻为例，在16世纪或更早期，墨西哥与非洲地区部分居民就有食用螺旋藻或其制品的习惯。微藻的商业化生产始于上世纪60年代的“小球藻”及上世纪70年代的“螺旋藻”培植。

目前，世界上应用生物技术进行大量培养或生产的微藻大约有200种，但已获得审批具有食品资质的微藻还仅为少数。

原卫生部于1994年批准了螺旋藻粉作为新食品原料（2013年以前称为新资源食品），其后随着对微藻研究的不断深入，盐藻及其提取物、DHA藻油、雨生红球藻、蛋白核小球藻、裸藻、球状念珠藻（葛仙米）、拟微球藻、莱茵衣藻等越来越多的微藻被批准成为新食品原料，微藻在食品领域的应用也越来越广。