利用化学手段合成虾青素时将不可避免的引入杂质化学物质，如合成过程中产生的非天然副产物等，将降低其生物利用安全性。

随着天然虾青素的兴起，世界各国对化学合成虾青素的管理也越来越严，如美国食品与药物管理局(FDA)已禁止化学合成的虾青素进入食品与膳食补充剂（Supplements）市场，而天然虾青素在FDA取得了一般性安全认证（GRAS），能够合法的进入食品与膳食补充剂市场。虾青素的生产一般倾向于开发天然虾青素的生物来源，并由此进行大规模生产。

不同来源虾青素的化学结构是不同的，所体现的抗氧化能力也不同。而虾青素超强的抗氧化能力正是通过它的特殊结构体现的。

其中，从雨生红球藻中提取的虾青素为100%左旋结构，抗氧化能力超强，体现出来的生物功效也是超强大的。法夫酵母源虾青素为100%右旋结构，抗氧化能力次之；通过鱼、虾、蟹等动物中提取的，为三种结构的混合品，抗氧化能力再次之，最后就是人工合成的虾青素为100%消旋结构，没有任何的抗氧化能力，已经不具有虾青素应有的生物功效，因此只能作为化工染色剂使用。