藻类是一种快速生长、易于培养的可再生资源，除了生物燃料之外，它们还有多种用途。来自藻类生物质的碳氢化合物可用于不同种类的产品，如肥料和工业清洁剂。此外，培养的蛋白质可以用于人类和动物的饲料。

也许最重要的是，藻类吸收大气中的二氧化碳。

另一方面，在藻类生物燃料方面仍然缺乏研究，而且由于藻类通常是转基因的，因此人们对人类接触来自藻类的毒素、过敏原和来自转基因生物的致癌物存在一些担忧。

藻类也需要大量的水，经常需要肥料，并且成本很高。

尽管如此，许多阻碍藻类生物燃料成为主流的障碍正在被顶尖人才和研究人员所解决。例如，慕尼黑工业大学的化学家们目前正在研究用盐水而不是淡水培育藻类的方法。同样，来自加州大学河滨分校的研究人员正在研究如何利用太阳能发电来种植藻类作为生物燃料。